As comissões constituídas pelo Fórum de ONG/AIDS do Estado de São Paulo visam atender a demandas emergentes e que se aplicam a temas e ações específicos com caráter temporal. Elas existem enquanto a demanda permanecer, devem buscar ter inicio, meio e fim. São compostas por número limitado de ONG/OSC e pessoas que possam contribuir com a sua resolutividade.
A constituição das comissões pode ocorrer por indicação da assembléia das afiliadas ou por demanda da diretoria.